Am 7. Dezember 1990 startet der Prototyp des R-Wagens mit der Wagennummer 2701 zu seiner ersten Fahrt. Es werden insgesamt 3 Prototypen (2701 - 2703) gebaut. Die Prototypen werden 1999 nach Norrköping (Schweden) verkauft.

Anlässlich der einen Tag zuvor erfolgten Verlängerung der U-Bahnlinie U3 von der Forstenrieder Allee nach Fürstenried West wird die Linie 16 Gondrellplatz - Fürstenried West eingestellt. Der Abschnitt Gondrellplatz - Harras wird von der bislang nur zwischen Lorettoplatz und Harras verkehrenden Linie 26 übernommen, die während der Hauptverkehrszeit ebenfalls bis Fürstenried West weiterfuhr.

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Wegen Umbau der Gleiskreuzung Leonrodplatz wird dieser komplett gesperrt. Die Linie 12 wird von Harthof kommend ab Nordbad zum Petuelring umgeleitet, im Westast wird der Betrieb eingestellt. Die Linien 20 und 25 wenden aus Richtung Effnerplatz bzw. Grünwald kommend bereits am Stiglmaierplatz.

Mit der Einstellung der Linie 26 (Gondrellplatz - Westendstraße - Harras - Lorettoplatz) wird auch fast die gesamte Strecke endgültig stillgelegt. Lediglich der Abschnitt Gondrellplatz - Westendstraße wird über einen neu errichteten Streckenabschnitt Westendstraße - Hans-Thonauer-Straße in Seitenlage neben der Zschokkestraße mit der ehemaligen Betriebsstrecke in der Siglstraße (die der Zufahrt zum Betriebshof 3 diente) verbunden.
Diese Strecke wird nun von der bislang zum Petuelring verkehrenden Linie 18 Effnerplatz - Gondrellplatz übernommen, den Abschnitt Sendlinger Tor - Petuelring übernimmt die bislang zeitweise zur Hanauer Straße verkehrende Linie 27.

 Alte Linienführungen siehe » Liniennetzplan 1992

Einen Tag nach der Eröffnung der U-Bahnlinie U2 bis Dülferstraße wird die Linie 13 (Scheidplatz - Hasenbergl) eingestellt, da diese stets nur im Abstand einiger hundert Meter zum neuen U-Bahntunnel verläuft. Auch der Abzweig nach Harthof (zuletzt befahren durch die Linie 12 Amalienburgstraße - Harthof) wird an diesem Tag stillgelegt, die Linie 12 endet nun am Scheidplatz. Damit verliert nach Neuperlach und Fürstenried die letzte von drei wegen ihrer Schnelligkeit und Unabgängigkeit vom Individualverkehr als "Stadtbahn" vermarkteten Strecken ihren Verkehr.

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Auf der Linie 20 Moosach - Effnerplatz wird erstmals eine Vorrangschaltung in Betrieb genommen, die die Trambahn an den Ampelanlagen bevorrechtigt. Dies spart auf der Gesamtstrecke 8 Minuten Fahrzeit ein.

Die Münchner Nachtlinien nehmen ihren Betrieb auf: Ab 13.09.1994 verkehren zunächst 3 Trambahnlinien (N19, N20 und N27) nachts von 1 - 5 Uhr im Stundentakt.

Am 11. Oktober 1994 geht das erste Fahrzeug des Typs R 2.2 in den Linieneinsatz. Bis 1997 werden insgesamt 70 Züge dieses Typs beschafft, die als Nachfolger des bekannten M-Wagens bestellt wurden und die schon bald das Bild der Münchner Trambahn prägen werden.

Mit der Wiederinbetriebnahme der Strecke Hauptbahnhof - Romanplatz wird auch die Liniennummer 17 wieder ins Leben gerufen: Sie befährt die neue Strecke und ab Romanplatz weiter zur Amalienburgstraße, im Ostast weiter über Maxmonument zum Effnerplatz.
Die bisher zur Amalienburgstraße fahrende Linie 12 wird auf den Abschnitt Scheidplatz - Romanplatz verkürzt. Die Linie 20, welche bislang den Abschnitt zum Effnerplatz bediente, wendet von Moosach kommend bereits am Sendlinger Tor.
Die neue Linie 17 verkehrt von Anfang an "beschleunigt", also mit Vorrangschaltung an den Lichtzeichenanlagen.

Wegen des großen Erfolges der Münchner Nachtlinien wird von nun an am Wochenende alle 30 Minuten gefahren, Montag mit Donnerstag bleibt es beim Stundentakt. Als vierte Trambahn-Nachtlinie nimmt die Linie N17 ihren Betrieb auf.

Die Linie 27 wird nach Umbau der Signalanlagen in das Beschleunigungsprogramm aufgenommen.

Die am 21. April 1968 eingestellte so genannte "Osttangente" wird wieder in Betrieb genommen. Die Linien 15 und 25 fahren ab Ostfriedhof nicht mehr zum St.-Martins-Platz, sondern geradeaus weiter über Rosenheimer Platz (S-Bahnanschluss) zur Wörthstraße, wo sie in die Strecke der Linie 19 einmünden. Dieser folgen sie zum Max-Weber-Platz, wo um die Häuserblockschleife Johannisplatz - Max-Weber-Platz - Johannisplatz gewendet wird. Zum Abwarten der Wendezeit wurde am Johannisplatz in Richtung Max-Weber-Platz ein neues Ausweichgleis errichtet, wo sich die Ausstiegshaltestelle für die Linien 15/25 befindet. Gleichzeitig werden diese Linie in das Beschleunigungsprogramm aufgenommen.

Am 7. Dezember 1998 wird letztmals ein Mm5-Zug auf der Linie 12 eingesetzt.

Tiefgreifende Reform zur wesentlichen Vereinfachung der MVV-Tarifsystematik: Die über 140 Zeitkartenzonen werden durch ein Ringesystem mit 16 Ringen abgelöst. Diesbedeutet für Fahrten durch München hindurch annähernd eine Halbierung des Zeitkartenpreises, da der Preis pro Zone fast konstant bleibt. Für alle anderen Zeitkarteninhaber wird dadurch immerhin der Geltungsbereich ihrer Karte erheblich erweitert. Die bisherigen persönlichen Monatskarten werden durch die übertragbare "IsarCard" abgelöst. Bis dato war es zum Erwerb einer Wochen- oder Monatskarte erforderlich, eine so genannte Stammkarte mit Passfoto ausstellen zu lassen. Im Bartarif wird der so genannte Außenraum II abgeschafft.

Wegen des überwältigenden Erfolges des wiedereröffneten Streckenabschnittes Romanplatz - Hauptbahnhof wird die Linie 12 werktags bis ca. 20 Uhr vom Scheidplatz kommend ab Romanplatz weiter als Linie 16 zum Sendlinger Tor geführt, so dass auf diesem Abschnitt ein 5-Minuten-Takt besteht. Gleichzeitig wird für die Linie 20/21 eine neue Wendeschleife am Karlsplatz/Stachus in Betrieb genommen, um die "Brunnenschleife" am Sendlinger Tor für die neue Linie 16 frei zu machen, so dass die Linien 20 und 21 ab diesem Tag leider nur noch bis Karlsplatz statt bis Sendlinger Tor verkehren.